Ο Ανδρέας Παπαθεοδώρου συμμετείχε και συμμετέχει ως Μέλος ή ως Διευθυντής του Εργαστηρίου Τουριστικών Ερευνών και Μελετών (ΕΤΕΜ) του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστήμιο Αιγαίου αλλά και ως ελεύθερος επαγγελματίας σε περίπου 30 Ερευνητικά και Μελετητικά Προγράμματα εθνικών και διεθνών οργανισμών όπως για παράδειγμα της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Παρέχει επίσης συμβουλευτικό έργο σχετικά με την ανάπτυξη του τουρισμού και τον σχεδιασμό πανεπιστημιακών προγραμμάτων σπουδών σε μια σειρά από δημόσια ιδρύματα.